Die Arzneimittelkommission der deutschen Ärzteschaft bestand im Jahre 2002 aus 37 ordentlichen und über 100 außerordentlichen Mitgliedern aus allen Disziplinen der praktischen, klinischen und theoretischen Medizin sowie einigen an Hochschulen und in der Praxis tätigen Pharmazeuten (siehe Dokumentationsteil: Kapitel „Einrichtungen der Bundesärztekammer mit besonderen Statuten“). Der Vorstand der Bundesärztekammer beruft die ordentlichen Mitglieder nach Vorschlag durch den Vorstand der AkdÄ für eine Amtsperiode von jeweils drei Jahren - jeweils ein Drittel von ihnen im Abstand von einem Jahr. Die Ernennung der außerordentlichen Mitglieder erfolgt durch den Vorstand der Arzneimittelkommission auf der Grundlage von Vorschlägen der ordentlichen Mitglieder für die Dauer von ebenfalls drei Jahren. Der Vorstand (bis zu fünf Mitglieder) wird alle drei Jahre aus den Reihen der ordentlichen Mitglieder gewählt, der Vorsitzende wiederum wird aus dem Kreise der Vorstandsmitglieder gewählt. Dem Vorstand gehören nach der Wahl vom 1. Dezember 2000 an als Vorsitzender Prof. Dr. B. Müller-Oerlinghausen (Berlin), als stellvertretender Vorsitzender Prof. Dr. D. Höffler (Darmstadt) sowie Prof. Dr. R. Gugler (Karlsruhe),Dr. H. Harjung (Griesheim) und Prof. Dr. W.-D. Ludwig (Berlin). Dr. H. Friebel (Magdeburg) als Vertreter des Vorstandes der Bundesärztekammer und Dr. med. L. Hansen (Düsseldorf) als Vertreter des Vorstandes der Kassenärztlichen Bundesvereinigung sind benannte Mitglieder des Vorstandes der AkdÄ.

Die Geschäftsstelle in Köln unterstützt und koordiniert die Arbeit des Vorstandes und der Mitglieder und informiert diese über wesentliche Entwicklungen auf dem Gebiet der Pharmakotherapie im In- und Ausland. Neben dem Geschäftsführer gehören der Geschäftsstelle u. a. drei weitere Ärzte, ein Apotheker und eine Pharmazeutisch-technische Assistentin an. Insgesamt sind vierzehn Mitarbeiter in der Geschäftsstelle tätig. Am 01.01.2002 hat Prof. Dr. H. Berthold (Bonn) seine Arbeit als neuer Geschäftsführer der AkdÄ aufgenommen.

Der Vorstand kann zu besonderen Themen Fachausschüsse aus Mitgliedern der AkdÄ und weiteren, ihr nicht angehörenden Sachverständigen einberufen, wie z. B. den Ausschuss „Unerwünschte Arzneimittelwirkungen“, den „Redaktionsausschuss AVP“ oder den „Ärzteausschuss Arzneimittelsicherheit“. Die Ausschüsse tagen drei- bis sechsmal pro Jahr. Die ordentlichen Mitglieder der AkdÄ treffen sich einmal jährlich zur Mitgliederversammlung in Köln, der Vorstand tagt etwa sechsmal im Jahr.

Die AkdÄ arbeitet eng mit den Gremien der Bundesärztekammer und der Kassenärztlichen Bundesvereinigung zusammen, z. B. mit dem Wissenschaftlichen Beirat, dem Deutschen Senat für ärztliche Fortbildung, dem Bundesausschuss der Ärzte und Krankenkassen sowie der medizinisch-wissenschaftlichen Redaktion des Deutschen Ärzteblattes.