Seit dem 01.01.1996 ist eine Nachfolgevereinbarung zwischen dem Bundesinstitut für Arzneimittel und Medizinprodukte und der Bundesärztekammer in Kraft, die eine frühere aus dem Jahre 1987 ablöste. Im Rahmen dieser Vereinbarung wird der Datenaustausch bezüglich der UAW-Berichte, die Arbeit des Ärzteausschusses Arzneimittelsicherheit und das Publikationsverfahren für Risikoinformationen der Bundesoberbehörde geregelt.

Ein enger Informationsaustausch über Fragen der Arzneimittelsicherheit findet auch mit der anderen Bundesoberbehörde, dem Paul-Ehrlich-Institut statt, welches traditionellerweise für Sera, Blutprodukte und Impfstoffe, aber auch für die zunehmend größer werdende Gruppe der sog. ‚Biologicals', z. B. als Arzneimittel verwendete monoklonale Antikörper zuständig ist. Die Zusammenarbeit mit dem PEI wird in naher Zukunft ebenfalls auf die Basis einer schriftlichen Vereinbarung zwischen der Behörde und der BÄK gestellt werden.